O Monitoramento de Mamíferos de Médio e Grande Porte se encontra na quarta fase do estudo, conforme previsto no Plano Básico Ambiental (PBA) para a etapa de operação da UHE Baixo Iguaçu.
Para obtenção dos registros de mamíferos, são realizadas campanhas sazonais e empregados métodos sistematizados para buscas ativas nos transectos localizados em sete pontos de monitoramento. Foram percorridas áreas em pontos selecionados na Área de Preservação Permanente (APP) do entorno do reservatório na usina, no corredor que ligará APP da usina com o Parque Nacional do Iguaçu e no interior no Parque Nacional do Iguaçu. Também, são utilizadas armadilhas fotográficas para amostragens qualitativas e estudos populacionais dos mamíferos.
Como resultado, nessa campanha de monitoramento foram registradas 30 espécies, das quais destacam-se os mamíferos herbívoros (anta – Tapirus terrestres, veado – Mazama americana), frugívoros (macaco-prego – Sapajus nigritus, cutia – Dasyprocta azarae), carnívoros (pequenos felinos, gato-do-mato – Leopardus sp., jaguatirica – Leopardus pardalis e gato-mourisco – Herpailurus yagouarundi), predadores de topo (onça-parda – Puma concolor) e presas (cutia – D. azarae, quati – Nasua nasua).
A presença dessas espécies demonstra a singularidade e significância da área para a manutenção e conservação da biodiversidade regional.