Para proteger a Área de Preservação Permanente (APP) da Usina Hidrelétrica Baixo Iguaçu, foram construídos 238 km de cercas isolando a APP das propriedades adjacentes garantindo a proteção e recomposição da vegetação ciliar, unindo fragmentos florestais entre si, em propriedades adquiridas pela usina, e destas com as áreas florestais do Parque Nacional do Iguaçu, viabilizando a implantação do Corredor de Biodiversidade Baixo Iguaçu.
Para detectar, prevenir e corrigir situações que coloquem em risco a conservação ambiental e sociopatrimonial na região do reservatório e seu entorno, a Usina Hidrelétrica Baixo Iguaçu desenvolve atividades de comunicação social, educação ambiental junto à população e mantém equipes de fiscalização que realizam monitoramento das áreas via terrestre e fluvial para verificar a existência de crimes contra o meio ambiente e o patrimônio.
Ao constatar a ilegalidade, a UHE Baixo Iguaçu aplica a notificação extrajudicial ao infrator estabelecendo um prazo para desocupar a área e reparar os danos ambientais. Caso o alerta não seja cumprido são tomadas as medidas judiciais cabíveis.
A UHE Baixo Iguaçu desenvolve diversos estudos e monitoramentos na área de abrangência do reservatório. A APP do entorno do reservatório deve ser ocupada por vegetação nativa da região. Para garantir isso, além da fiscalização, a UHE Baixo Iguaçu desenvolve o Programa de Consolidação do Corredor da Biodiversidade, onde mais de dois mil hectares serão recuperados com plantas nativas da região, com o intuito de conectar a biodiversidade do Parque Nacional do Iguaçu com a Área de Preservação Permanente do entorno do reservatório, criando uma zona de trânsito dos animais e contribuindo para a recuperação do meio ambiente e a manutenção da biodiversidade regional.