A usina hidrelétrica Baixo Iguaçu foi implantada numa área próxima aos limites do Parque Nacional do Iguaçu, que abriga uma rica biodiversidade de Mata Atlântica. Entretanto, grande parte da paisagem do planalto paranaense foi convertida em pastagens e culturas agrícolas.
O programa de Consolidação do Corredor da Biodiversidade, no âmbito do licenciamento ambiental da UHE Baixo Iguaçu, visa recuperar áreas florestais no entorno do reservatório e promover o desenvolvimento de espécies nativas que vinham se tornando raras. Já foram implantados 250 km de cercas para isolamento e proteção de aproximadamente 1.000 hectares de remanescentes florestais que se encontram conservados e áreas em processo de regeneração natural.
Além disso, mais de 2.000 hectares de áreas antropizadas receberão ações de recomposição da vegetação através do plantio de mudas e semeadura. Até 2027 a estimativa é que sejam plantadas mais de 800.000 mudas e distribuídas 2 toneladas de sementes, todas de espécies da flora nativa da região.
Na margem direita do reservatório, a implantação do corredor verde vai conectar o Parque Nacional do Iguaçu com fragmentos isolados de vegetação, criando uma zona de trânsito e desenvolvimento da flora e da fauna. Já na margem esquerda, além de recuperar trechos das margens do entorno do reservatório, promoverá a conexão da Área de Preservação Permanente com um dos últimos fragmentos de peroba-rosa da região, espécie amplamente explorada e suscetível à extinção num futuro próximo.